Сайты в Яндекс добавляются через сервис Яндекс.Вебмастер - https://webmaster.yandex.ru/sites/add/.
Чтобы войти в Вебмастер, у вас должна быть учетная запись Яндекса. Если ее нет, то регистрируемся и заходим в интерфейс сервиса - https://webmaster.yandex.ru/
Далее нажимаем + (плюс) и в появившемся окне вводим адрес сайта - его доменное имя. Например http://site.ru/.
Затем нужно подтвердить права на добавленный сайт. Поддерживаются 3 варианта подтверждения:
1. Через добавления кода в мета-тег главной страницы в раздел HEAD. В зависимости от типа сайта и его системы управления, главной страницей может быть файл index.html, index.php. Если такого файла нет, лучше обратиться к документации используемой CMS. Код в файле будет примерно такой:
<meta name="yandex-verification" content="71fth98e23a1e649" />
2. Через добавления проверочного HTML-файла в корень сайта. Файл вида yandex_71fth98e23a1e649.html нужно закачать через любой FTP-менеджер или создать его в менеджере файлов в панели управления хостингом. В содержимом файла должен быть код вида:
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
</head>
<body>Verification: 71fth98e23a1e649</body>
</html>
3. Через добавление TXT-записи в DNS домена. Должен иметься доступ к управлению доменом. Запись будет вида:
yandex-verification: 71fth98e23a1e649
Выполнив необходимые шаги, нажимаем “Проверить”. При успешной проверке станут активны все разделы Яндекс.Вебмастера. В них уже делаются дополнительные настройки, помогающие Яндексу сайт индексировать, например добавление карты сайта, проверка robots.txt и т.д.